在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可

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公元前一万年的柳江人小妹在白莲洞内通过神奇的门来到了现代的拇指冒险岛，小妹手中的紫色手环正是拇指联盟寻找的紫色宝石！拇指联盟在帮助小妹回到家乡的过程中，遇到了神秘黑衣人的不断阻挠，在“拇指联盟”的共同守护下，小妹通过神奇的门回到了遥远的家乡，和父母团聚。